기금운용공사 설립으로 기금운용 독립성을 확보할 수 없으며, 오히려 국민들의 조세부담을 가중시키고 공기업 선진화 정책에 위배된다는 주장이 제기됐다.

자유기업원은 "국민연금지배구조의 현황과 과제" 보고서를 발간하고, 국민연금기금의 지배구조 문제를 근본적으로 개혁하지 않고서는 기금운용의 독립성을 확보할 수 없다고 주장했다.

정부는 2008년 8월 국민연금기금 운용을 전담할 기금운용공사 설립을 골자로 하는 국민연금법 개정안을 국회에 제출해 놓은 상태다. 그 동안 국민연금이 운용해 온 기금운용체계를 개선함으로써 기금운용의 수익성과 안정성을 높이고 국민연금 재정의 장기적 안정화에 기여하여 국민연금제도에 대한 국민의 신뢰를 확보하려는 것이 법 개정의 목적이다.

그러나 정부 개편안은 국민연금이 가지고 있는 근본적인 문제점을 해결하지 못하고 있다. 첫째, 기금운용공사도 여전히 정부의 통제 아래에 있어 독립성을 확보할 수 없으며, 여전히 정치적 이용가능성이 존재한다. 특히 연금기금의 의결권 행사로 인해 정부가 의도한 방향으로 지배구조를 바꾸려 할 수 있어 연금사회주의가 우려된다. 둘째, 민간에 존재하는 상품시장, 경영권 시장, 경영자 시장 등 외부통제 장치가 없다. 셋째, 법으로 시장진입을 막고 있어 민간이 연금시장에 진입할 수 없으며, 시장에서 경쟁의 압력이 존재하지 않는다. 넷째, 국민연금법에 의해 강제로 가입해야 하는 비자발적 계약으로 거래당사자간 계약의 자유가 존재하지 않는다. 다섯째, 강제적으로 보험료를 납부해야 하므로 납부한 보험료 만큼 재산을 사용하는데 제약을 받아 재산권 침해 소지가 존재한다. 여섯째, 관리비용과 조직규모의 팽창 등 공기업의 비효율성 문제가 발생한다.

이러한 국민연금 지배구조 문제를 해결하기 위한 가장 바람직한 대안은 국민연금을 민영화하는 것이다. 민간 기업이 상품을 제공하고 운용주체가 되기 때문에 국민연금의 정치적 이용가능성이 줄어든다. 그리고 시장에서 경쟁이 존재하고 경영자시장, 경영권 시장이 작동하게 된다. 가입자들은 보다 싸고 좋은 서비스를 제공받을 수 있으며, 계약의 자유와 연금 상품을 선택할 수 있는 선택의 자유가 존재한다.

차선의 대안은 국민연금기금을 민간운용사에 위탁해 투자하는 것이다. 민간위탁 투자는 기금운용공사 설립을 통한 직접 투자보다 여러 면에서 효율적이다. 민간은 이미 애널리스트나 기금운용전문가를 고용하고 있으며, 기금운용에 대한 많은 지식을 가지고 있어 정부가 공사를 설립해 운영하는 것보다 비교우위에 있기 때문이다. 그리고 공사를 설립해 기금을 운용할 경우 많은 관리비용이 들어가지만 민간위탁은 그런 관리비용을 절감할 수 있다.